רגישות לגלוטן פוגעת בפוריות

אצל נשים הסובלות ממחלת צליאק או מרגישות לגלוטן ואין הן מודעות לכך מבחינת תזונה שהן אוכלות,  הכניסה לגיל הפוריות מתאחרת והמחזורים נפסקים בגיל צעיר יותר לעומת המצב אצל אחרות. יש להן גם יותר מקרים של אל-ווסת זמני, יש פחות ביוצים וכך פוחת  הסיכוי לכניסה להריון. גורמים הורמונאליים ותזונה לקויה תורמים אף הם למצב זה.

באשר לגברים, הבעיה  אצלם יכולה לגרום להופעת תאי זרע לא נורמאליים, ספירת זרע נמוכה, שינויי מבנה ותנועתיות חלשה יותר של תאי הזרע. אצל חולי צליאק שאינם

 מודעים למחלתם זו  יש גם רמה נמוכה יותר של טסטוסטרון.

התכיפות של יחסי המין של בני זוג תורמת אף היא לבעיות פוריות. אם מישהו מבני הזוג מרגיש מותש בגלל מחלת צליאק לא מזוהה, הם מקיימים פחות יחסי מין.  מחקר באיטליה מצא שאם לאחד מבני הזוג יש מחלת צליאק לא מטופלת, השכיחות של קיום יחסי מין ביניהם נמוכה יותר מזו שבין בני זוג שלשניהם, או לאחד מהם, יש מחלת צליאק, אבל הם מודעים לקיומה ולא אוכלים מוצרים מכילי גלוטן.

כאמור, אם אישה שיש לה מחלת צליאק או אי סבילות קלה יותר לגלוטן  שאין היא מודעת לגביהן  נכנסת להריון, יש לה יותר סיכון להפלה, ללידה טרם עת או למשקל נמוך של הוולד לעומת אצל האחרות. להפלות יש סיבות רבות שאינן קשורות לרגישות לגלוטן. כללית, רבע מן ההריונות נגמרים בהפלות. על כל פנים, אם לאישה יש אירועי  הפלות או חוסר יכולת להרות, מומלץ שהיא תעבור בדיקה של נוגדנים, כדי לוודא אם המצב הזה קשור לרגישות לגלוטן. בנושא זה של הקשר בין צליאק לחוסר פוריות יש דעות חלוקות, אבל פרופ' שילה קראו טיפלה במקרים רבים בהם נמצא קשר ועם סילוק הסיבה, נפתרה הבעיה.